Cette synagogue qui remonte au XVIe siècle, 1553 pour être précis, est la plus petite de Cracovie. Elle a été construite par la famille du rabbin polonais Mojżesz Isserlès, mais fut malheureusement presque complètement détruite pendant l'occupation nazie. Seule une douzaine de pierres tombales ont survécu à la Seconde Guerre mondiale dans leur état d'origine, dont celle du rabbin Mojżesz Isserlès.

Pendant l'occupation nazie, entre 1939 et 1945, la synagogue a servi d'entrepôt de sacs mortuaires et d'équipement anti-incendie, et fut malheureusement gravement endommagée. Elle a ensuite été rénovée en 1957 par la communauté juive.

De nos jours, le cimetière et la synagogue sont un lieu de pèlerinage pour les Juifs pieux du monde entier.