Esta sinagoga remonta ao século XVI, 1553 para ser mais preciso, e é a menor de Cracóvia. Foi construída pela família do rabino polonês Moses Isserles, e infelizmente foi quase totalmente destruída durante a ocupação nazista. Apenas uma dúzia de lápides sobreviveram à Segunda Guerra Mundial em seu estado original e entre elas estava a do Rabino Moses Isserles.

Durante o período da ocupação nazista, entre 1939 e 1945, a sinagoga serviu de depósito de sacos para cadáveres e equipamentos de combate a incêndio, mas infelizmente sofreu graves danos e foi posteriormente reformada em 1957 pela comunidade religiosa judaica.

Atualmente, o cemitério e a sinagoga são locais de peregrinação para judeus devotos do mundo todo.