Questa sinagoga risale al XVI secolo, per la precisione al 1553, ed è la più piccola di Cracovia. Fu costruita dalla famiglia del rabbino polacco Moses Isserles, che purtroppo venne quasi completamente distrutta durante l'occupazione nazista. Solo una dozzina di lapidi sopravvissero alla seconda guerra mondiale nel loro stato originale e tra queste c'era quella del rabbino Moses Isserles.

Durante il periodo dell'occupazione nazista, tra il 1939 e il 1945, la sinagoga venne usata come magazzino di sacchi per cadaveri e attrezzature antincendio, ma purtroppo subì gravi danni e fu poi ristrutturata nel 1957 dalla comunità religiosa ebraica.

Oggi, il cimitero e la sinagoga sono un luogo di pellegrinaggio per gli ebrei devoti di tutto il mondo.